Tiene como objetivo la atención primaria a la Salud el reforzamiento de las instituciones encargadas de administrar la salud pública (los Ministerios de Salud Pública) en la atención de las poblaciones reasentadas y a reasentar. Control de Vectores a fin de evaluar si existe modificación en la culicidofauna y la Vigilancia Epidemiológica.

Calidad de Agua 

Este Programa tiene como uno de sus principales objetivos la Determinación de las modificaciones en las variables del agua y su calidad y, producidos por el cambio de río a embalse, desde su condición de base, la actual y las tendencias del mismo.

Como también detectar y evaluar problemas e impactos emergentes producidos por el emprendimiento, en la zona de influencia (Ej.: sobre saturación gaseosa, estratificaciones en el lago, problemas de eutrofización y malezas acuáticas, etc.).